Διαδρομή της Σαμοθράκης μέσα στους αιώνες.
Όπως συμπεραίνεται από πρόσφατες ανασκαφές στις τοποθεσίες Μικρό Βουνί, Βρυχός και αλλού (Δ..Μάτσας,1995) καθώς και από παλιότερες έρευνες, η Σαμοθράκη πρέπει να κατοικούνταν ήδη από τα προϊστορικά χρόνια και σίγουρα κατά τη νεολιθική εποχή. Οι πρώτοι κάτοικοί της, μικρασιατικής και θρακικής καταγωγής,

πρέπει να ήταν και οι εισηγητές της μυστηριακής θρησκείας που αναπτύχθηκε στα μεταγενέστερα χρόνια και καθιέρωσε τη Σαμοθράκη ως ένα από τα μεγαλύτερα θρησκευτικά κέντρα της αρχαιότητας.
Αποικισμός ελληνικών φύλων στο νησί πρέπει να έγινε λίγο πριν από τον 7ο π.χ. αιώνα, από περιοχές της Αιολίας, όπως μαρτυρούν επιγραφές που διασώθηκαν στο νησί. Οι μαρτυρίες ορισμένων πηγών για τον εποικισμό από κατοίκους της Σάμου, αποτελεί υστερογενή ερμηνεία που βασίζεται στα ονόματα Σαμοθράκη και Σάμος.
Η Σαμοθράκη είναι γνωστή στην αρχαιότητα με ποικίλα ονόματα όπως: Σαόννησος, Λευκοσία., Λευκανία, Λευκωνία, Δαρδανία, Ηλεκρίς, Αιθιοπία(Ησύχιος) και κατά τον μεσαίωνα ως Mandrachi, Sanctus Mandrachi, Samathrachi, Samotratia, Σαμάντρα, κλπ.
Το βόρειο τμήμα του νησιού, και συγκεκριμένα ο χώρος της σημερινής Παλιάπολης, αποτέλεσε το κέντρο του αρχαίου κόσμου και της μυστηριακής θρησκείας της Σαμοθράκης.
Το νησί οργανώθηκε με βάση τα πρότυπα των ελληνικών πόλεων. Είχε άρχοντα «βασιλέα» και πολίτες οργανωμένους σε πέντε φυλές. θεωρούσε ως προστάτιδα την Αθηνά, έκοβε δικά του αργυρά νομίσματα και κατείχε την απέναντι θρακική ακτή, την Περαία, χώρο ανάμεσα στη Μαρώνεια και την θρακική χερσόνησο.
Στη συνέχεια η Σαμοθράκη ακολουθεί την τύχη των άλλων ελληνικών πόλεων, οι οποίες στην αρχή υποτάσσονται από τους Μακεδόνες και αργότερα από τους Ρωμαίους. Ο τελευταίος βασιλιάς της Μακεδονίας, Περσέας, καταφεύγει στη Σαμοθράκη, για να σωθεί αλλά εκεί συλλαμβάνεται από τους Ρωμαίους
Η θρησκεία των «Μεγάλων Θεών»
Εκείνο που ανέδειξε τη Σαμοθράκη και την έκανε πασίγνωστη στον αρχαίο κόσμο ήταν η μυστηριακή θρησκεία που είχε τις ρίζες της στα προελληνικά φύλα που κατοικούσαν το νησί.
Η θρησκεία των «Μεγάλων Θεών», περιλάμβανε στο τελετουργικό της «μυστήρια» στα οποία οι μυημένοι κατατάσσονταν σε δύο βαθμούς: στους «μύστες» και στους «επόπτες». Κυρίαρχη μορφή ήταν η «Μεγάλη Μητέρα» που ονομαζόταν Αξίερος και ταυτιζόταν με τη Δήμητρα και με την οποία συνδεόταν ένας ιθυφαλλικός θεός, πιθανόν σύζυγός της, ο Καδμήλος ή Κάσμιλος που ταυτιζόταν με τον Ερμή.
Την προελληνική αυτή ομάδα θεοτήτων συμπληρώνει, αργότερα, μια δεύτερη που έχει την προέλευσή της στους Ελληνες αποίκους του 7ου αι.π.Χ. Την αποτελούσαν ο Αξιόκερσος και η Αξιόκερσα, χθόνιες θεότητες, παρόμοιες με τον Άδη και την Περσεφόνη. Η θεϊκή ομάδα συμπληρωνόταν από δυο νέους τους Κάβειρους. Η μύηση ήταν προφανώς προσιτή σ’ όλα τα φύλλα και τις ηλικίες καθώς και σε ελεύθερους και δούλους.
Η θρησκεία των «Μεγάλων Θεών»
Ελάχιστες και ασήμαντες μπορούν να θεωρηθούν οι πληροφορίες που έχουμε για τη Σαμοθράκη κατά τα μεσαιωνικά χρόνια καθώς και για την περίοδο της Τουρκοκρατίας.
Κύριες πηγές είναι ορισμένοι βυζαντινοί χρονογράφοι και ιδίως διάφοροι ξένοι περιηγητές που καθ’ όλον το Μεσαίωνα και τα νεώτερα χρόνια περιέρχονταν τα μέρη της Ανατολής για ποικίλους λόγους και σκοπούς.
Έτσι πληροφορούμαστε τον εξανδραποδισμό 2500 κατοίκων των νησιών Ίμβρου, Τενέδου και Σαμοθράκης το 768 μ.Χ. από Σλάβους επιδρομείς και ότι το νησί χρησιμοποιείται ως τόπος εξορίας για βυζαντινούς αξιωματούχους.
Κατά καιρούς δέχεται επιδρομές Σαρακηνών και άλλων πειρατών ιδίως τον 9ο αι μ.Χ. αλλά και τα μεταγενέστερα χρόνια. Την παρουσία των πειρατών υποδηλώνουν τόσο το κάστρο της Χώρας όσο και οι Πύργοι-Βίγλες στην Παλαιάπολη και τον Φονιά.
Το 1430 περέρχεται στην κυριαρχία των Γενουατών Gattilusi.
Το 1479 το νησί υποτάσσεται οριστικά στους Τούρκους.
Τον 17ο αι.μ.Χ. σύμφωνα με μαρτυρίες του μαρκήσιου De Fleury η Σαμοθράκη αριθμεί 800 κατοίκους.
Στα τέλη του 18ου αι. φαίνεται ότι η Σαμοθράκη βρίσκεται σε καλή οικονομική κατάσταση γιατί η απουσία των Τούρκων και κάποια σχετική ασφάλεια συντελούν στην άνθιση της οικονομίας και του πληθυσμού που υπολογίζεται γύρω στους 4.000 κατοίκους. Η ευημερία αυτή διακόπηκε απότομα το 1821 με την ολοκληρωτική καταστροφή του νησιού και την σφαγή του μεγαλύτερου μέρους του πληθυσμού στην τοποθεσία (Ε)φκάς από τους Τούρκους, όταν οι Σαμοθρακίτες ξεσηκώθηκαν για να απαλλαγούν από τον κατακτητή. Το 1835 αναφέρονται 500 κάτοικοι, που φθάνουν σταδιακά τους 3.500 στις αρχές του 20 αι. η εξάρτηση από την Τουρκία είναι μικρή, αφού ουσιαστικά Σαμοθράκη εξακολουθεί να είναι αυτόνομη και αυτοδιοικούμενη μέχρι την απελευθέρωσή της στις 19 Οκτωβρίου 1912.
Το 1951 ο πληθυσμός του νησιού φτάνει στους 4258 κατοίκους. Όμως ήδη έχει αρχίσει η αντίστροφη μέτρηση, που οφείλεται στην αιμορραγία της μετανάστευσης, με αρνητικές συνέπειες στην συνοχή του ανθρωπογενούς περιβάλλοντος και την πολιτιστική συνέχεια του νησιού. Σήμερα η Σαμοθράκη έχει 3.083 κατοίκους.